Од укидања Пећке патријаршије 1766, до Берлинског конгреса 1878, чије одлуке су донеле значајне геополитичке промене на Балканском полуострву, Пљевља и пљеваљски крај су, после Мостара, били међу најзначајнијим деловима Херцеговачке митрополије. То потврђује како активан духовни живот манастира Свете Тројице, тако и постојање већег броја цркава и манастира на подручју Пљеваља и околине.

О настанку манастира Свете Тројице и о његовим оснивачима познати су различити извори, међу којима су најстарији записи у рукописним црквеним књигама који се јављају од 1537. године, затим два ктиторска натписа на живопису у призиданој припрати из 1592. године и три сигниране ктиторске композиције, од којих је једна о оснивању храма у наосу, друга о оснивању припрате и трећа о секундарном ктитору приложнику, сви настали последње деценије XVI века. За несагласне податке из натписа и писаних извора, а нарочито за различиту слику цркве на двема ктиторским композицијама, понуђена су релативно прихватљива решења, али су и поред тога поједина питања остала отворена. Међу њима се на првом месту поставља питање да ли је ту постојало старије црквено седиште. На основу познате забране турских власти да се православни црквени центри могу само обнављати на старим темељима, а никако подизати нови, претпостављало се да је и црква Свете Тројице пљеваљске настала на старијој црквеној грађевини.