Od ukidanja Pećke patrijaršije 1766, do Berlinskog kongresa 1878, čije odluke su donele značajne geopolitičke promene na Balkanskom poluostrvu, Pljevlja i pljevaljski kraj su, posle Mostara, bili među najznačajnijim delovima Hercegovačke mitropolije. To potvrđuje kako aktivan duhovni život manastira Svete Trojice, tako i postojanje većeg broja crkava i manastira na području Pljevalja i okoline.

O nastanku manastira Svete Trojice i o njegovim osnivačima poznati su različiti izvori, među kojima su najstariji zapisi u rukopisnim crkvenim knjigama koji se javljaju od 1537. godine, zatim dva ktitorska natpisa na živopisu u prizidanoj priprati iz 1592. godine i tri signirane ktitorske kompozicije, od kojih je jedna o osnivanju hrama u naosu, druga o osnivanju priprate i treća o sekundarnom ktitoru priložniku, svi nastali poslednje decenije XVI veka. Za nesaglasne podatke iz natpisa i pisanih izvora, a naročito za različitu sliku crkve na dvema ktitorskim kompozicijama, ponuđena su relativno prihvatljiva rešenja, ali su i pored toga pojedina pitanja ostala otvorena. Među njima se na prvom mestu postavlja pitanje da li je tu postojalo starije crkveno sedište. Na osnovu poznate zabrane turskih vlasti da se pravoslavni crkveni centri mogu samo obnavljati na starim temeljima, a nikako podizati novi, pretpostavljalo se da je i crkva Svete Trojice pljevaljske nastala na starijoj crkvenoj građevini.